引用文献在知网查重中的特殊处理主要包括两个方面：一是对引用文献的权重进行调整，通常会降低引用文献的权重，以减少对整体查重结果的影响；二是针对引用文献的相似度比对算法进行优化，避免因引用文献较多而导致的查重结果不准确的情况。

在知网查重系统中，针对引用文献的特殊处理是为了避免因引用文献较多而导致的查重结果不准确的情况。通过对引用文献的权重进行调整和相似度比对算法的优化，可以更准确地评估文献的原创性和重复程度，提高查重系统的准确性和可靠性。